在中国大片土地沦为日本占领区后，日军在这些地方实行残暴的殖民统治，犯下空前严重、灭绝人性的罪行。

日军在占领区建立多个细菌战部队的秘密基地，研制霍乱、伤寒、鼠疫等病毒，对中国军民实行惨无人道的“活体解剖”。还制造配备相当数量的化学武器，悍然实行细菌战、毒气战。从1940年下半年起，日军731部队等开始将带有病毒的投掷器投放到中国许多地区，造成大量中国居民死亡。日军还在其占领区掳掠和残害中国劳工，强迫中国妇女充当“慰安妇”。

此外，日军疯狂掠夺中国的资源与财富，并按照“思想战”的方针，在其占领区大力推行奴化教育，企图以此达到泯灭中国民众的民族意识和反抗精神、维护其殖民统治的目的。

日本军国主义的野蛮行径激起了沦陷区人民的顽强反抗。沦陷区党组织在极端困难的条件下，开展广泛深入的抗日宣传，采取多种方式启发群众民族意识，激励群众抗日热情；积极发动组织群众，同日本侵略者展开针锋相对的斗争；举行武装暴动，直接打击日本侵略者；建立隐蔽战线，开展卓有成效的情报工作。1941年，大同煤矿工人举行罢工和暴动，一部分工人参加了八路军。中共晋察冀分局社会部先后派人前往北平、天津等大中城市，组织联络当地的秘密党员、进步青年和爱国人士，渗透到敌人内部，获取不少情报。

沦陷区党组织还通过秘密交通线安排转移大量干部和进步人士，不断向八路军、新四军和抗日根据地提供人力、物力、财力等方面的帮助。在1941年太平洋战争爆发前，宋庆龄领导的保卫中国同盟长期以香港为基地，在港澳同胞的支持下，联络海外侨胞，募集大量捐款，支援祖国抗战。太平洋战争爆发后，日军占领香港。党中央及主持南方局工作的周恩来紧急指示八路军驻香港办事处和东江抗日游击队负责人，营救在香港的爱国民主人士和文化界人士。这次营救活动历时半年多，共营救出何香凝、柳亚子、邹韬奋等800余人。香港沦陷后，在共产党领导下成立的广东人民抗日游击总队港九大队挺进敌后，坚持开展海上游击战和城市游击战，经常对日、伪军发起袭击，有力配合和支持了广东地区的抗日游击战争。